Histoire de Kingdom hearts II

Le jeu se déroule un an après Kingdom Hearts: Chain of Memories. Il suit la quête de Sora, Donald et Dingo à travers différents mondes. L'histoire commence cependant avec Roxas, un nouveau personnage, lui aussi maitre de la Keyblade tout comme Sora, à travers la Ville du Crépuscule. Roxas et Sora sont à présent confrontés à de nouveaux ennemis, les Simili, qui poursuivent un but mystérieux. Sora doit maintenant retrouver ses amis et protéger les mondes qu'il traverse contre ceux-ci. Mais, outre les Simili, un groupe de personnes s'opposent à lui, des membres d'une organisation secrète cherchant à percer le secret des cœurs, l'Organisation XIII...